Análisis metagenómico de la evolución de las comunidades microbianas en alimentos sometidos a refrigeración y en condiciones de ausencia de frío

Abstract

[ES]La cadena del frío constituye un elemento clave en seguridad alimentaria, pues la mayoría de los microorganismos detienen su crecimiento a bajas temperaturas. Se han desarrollado técnicas, basadas en la secuenciación masiva, que analizan las poblaciones bacterianas de una muestra mediante secuenciación de un fragmento del gen ribosómico 16S, permitiendo la caracterización microbiana de alimentos. El objetivo del presente estudio consistió en la identificación y cuantificación de bacterias sobre alimentos refrigerados y sin refrigerar utilizando secuenciación masiva del ADNr16S, para describir el rol del mantenimiento de la cadena del frío sobre la evolución de comunidades microbianas en alimentos. Así, se secuenció el ADN extraído de muestras de pollo, espinacas, queso fresco y yogurt, a los 2 y 4 días. Las Unidades de Operación Taxonómica (Operational Taxonomic Units: OTUs) obtenidas se compararon con bases de datos de secuencias de organismos (NCBI). Además, se realizó el cultivo de microorganismos de las muestras en el momento de su compra. De forma general se observó un aumento de la cantidad y diversidad de bacterias en las muestras sin refrigerar, confirmando que la cadena del frío retrasa el desarrollo de microorganismos en los alimentos, aumentando la vida útil de los mismos. Además, el estudio demuestra la eficacia de la secuenciación masiva del ADNr16S para estudiar el efecto de la temperatura en el desarrollo de comunidades bacterianas sobre los alimentos.

[EN]The cold chain is a key element in food safety since most microorganisms stop their growth at low temperatures. Techniques that analyse the bacterial populations of a sample by sequencing a fragment of the 16S ribosomal gene, allowing the microbial characterization of foods have been developed. The objective of the present study was to identify and quantify bacteria on refrigerated and uncooled foods using massive sequencing of rDNA16S, to describe the role of maintenance of the cold chain on the evolution of microbial communities in food. Thus, the DNA extracted from the samples was sequenced at 2d and 4d. The OTUs obtained were compared with those of the databases and identified. The culture of microorganisms of the samples was carried out at 0d. In general, an increase in the amount and diversity of bacteria was observed in the uncooled samples, confirming that the cold chain delays the development of microorganisms in foods, increasing the shelf life of them. In addition, the study demonstrates the efficacy of the massive sequencing of rDNA16S to study the effect of temperature on the development of bacterial communities on food.