PDSDT. Salud y Desarrollo en los Trópicos

Microbioma y resistoma de quirópteros en túneles con influencia antropogénica: una aproximación metagenómica

Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT

[ES] Los murciélagos (quirópteros) son el segundo orden de mamíferos más numeroso conocido, contando con cerca del veinte por ciento de las especies descritas hasta la fecha. Este grupo es de especial importancia en salud y epidemiología debido a que habitan en zonas cercanas a asentamientos humanos y/o instalaciones de cría de animales. Características intrínsecas y extrínsecas a los murciélagos los hacen hospedadores de una amplia variedad de patógenos humanos. Para establecer su presencia se pueden utilizar técnicas moleculares de amplificación de ácidos nucleicos específicas o estudios metagenómicos que permiten determinar la composición y dinámicas del microbioma de interés. Uno de los refugios de quirópteros más grandes e importantes que existen en la provincia de Salamanca se encuentra en la región del parque Natural Arribes del Duero, que incluye la ruta turística de ‘el Camino de Hierro’. Esta ruta está compuesta por puentes y túneles que en su interior albergan colonias de quirópteros de hasta 12.000 individuos pertenecientes a 16 especies, todas ellas protegidas por la legislación europea (Hábitats Directiva), estatal (ley 42/2007 del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad) y Catálogo Español de Especies Amenazadas (RD 139/2011). A pesar de contar con esta gran cantidad de colonias y la potencial abundancia de posibles patógenos, actualmente la ruta sirve como sitio turístico recreativo, recibiendo la visita de miles de personas anualmente. Con este contexto como base, nos planteamos la hipótesis de esta Tesis Doctoral, ya que el microbioma del guano de murciélagos en áreas con alta presión turística pudiera albergar microorganismos con potencial zoonótico. Además, las comunidades microbianas asociadas a colonias de murciélagos en zonas turísticas pueden presentar una mayor abundancia y diversidad de genes de resistencia a antibióticos en comparación con colonias en zonas sin actividad humana, lo que sugiere una influencia antropogénica en la selección de resistencia antimicrobiana en estos ecosistemas. Esta hipótesis se fundamentó en los resultados de los artículos de revisión bibliográfica presentados como introducción. Durante el desarrollo de la introducción, se define un inventario de la riqueza de bacterias encontradas en guano de murciélagos en los últimos cinco años (2020-2025) mediante la metagenómica como herramienta de detección. Se describen las bacterias identificadas en los diferentes estudios realizados y que pueden ser de relevancia en nuestra investigación debido a la capacidad de transmisión por partículas suspendidas en el aire. A continuación, se analiza las bacterias que han presentado resistencia a antimicrobianos en los artículos de investigación publicados en los últimos cinco años, así como las características de los estudios realizados, incluyendo el método de identificación bacteriana, pruebas para la detección de resistencias y metodologías estadísticas utilizadas. De esta manera, propusimos como objetivo general evaluar el impacto de la presión antropogénica en la composición del microbioma y en la presencia de genes de resistencia a antibióticos en colonias de murciélagos del Parque Natural de las Arribes del Duero, con énfasis en su relevancia para la salud pública. Para ello, definimos distintos objetivos específicos que se van alcanzando en los diferentes artículos de investigación presentados en esta Tesis Doctoral. El primer objetivo específico se basa en caracterizar la diversidad taxonómica y funcional del microbioma bacteriano presente en el guano de murciélagos en túneles del Camino de Hierro durante dos temporadas (periodo de reproducción y periodo de hibernación), utilizando metagenómica por shotgun y análisis bioinformáticos. Así, fuimos capaces de describir la comunidad bacteriana a nivel taxonómico y funcional. Como segundo objetivo específico se planteó la detección de patógenos específicos en túneles transitados por personas, por su potencial zoonótico. Se identificó mediante diagnóstico molecular (PCR-nested; reacción en cadena de la polimerasa anidada) y secuenciación, hongos del género Histoplasma por primera vez en la Península Ibérica a partir de muestras de heces de quirópteros alojados en dichos túneles. El tercer objetivo específico se enfocó en identificar y cuantificar genes de resistencia a antibióticos (ARGs; Antibiotic resistance genes) en los metagenomas obtenidos, comparando su abundancia, diversidad y contexto genómico con muestras obtenidas en regiones con cuevas sin exposición a la actividad humana. Es decir, se compararon regiones con alta y baja presión antropogénica. Para ello, ensamblamos genomas de muestras de guano del Camino de Hierro, Salamanca, España (alta exposición a personas), con muestras de una zona en Guangdong, China, sin dicha influencia de las personas (baja exposición). Identificamos y comparamos los ARGs y realizamos la búsqueda de genes homólogos humanos de la base de datos CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database). Los resultados indicaron que la presión antropogénica ha modificado el ambiente, ya que se encontraron genes de resistencia bacteriana en las muestras procedentes de Salamanca, que no habían sido identificados en las muestras de Guangdong. En conjunto, los resultados de esta investigación evidencian que los túneles del Camino de Hierro (un entorno turístico frecuentado anualmente por miles de visitantes), albergan un microbioma asociado al guano de murciélagos con una notable carga de microorganismos de relevancia clínica. Mediante nuestro enfoque metagenómico, se caracterizó la diversidad taxonómica y funcional de este microbioma, identificándose bacterias potencialmente patógenas para el ser humano y hongos de gran importancia en salud pública, incluidos en el género Histoplasma. Asimismo, el análisis comparativo de genomas bacterianos ensamblados a partir de muestras del Camino de Hierro y de un entorno silvestre en Guangdong (China) sugiere que la actividad turística y humana ha ejercido una presión selectiva que modifica el reservorio natural de resistencia antimicrobiana en estos ecosistemas. Estos hallazgos pueden tomarse como una alerta científica sobre los riesgos potenciales derivados de la apertura de cavidades naturales a la actividad turística sin una evaluación previa de bioseguridad. La gestión sostenible de estos espacios debe considerar estrategias de vigilancia microbiológica y medidas preventivas orientadas a proteger tanto a los visitantes como a los trabajadores, así como a preservar la integridad ecológica de las colonias de murciélagos.; [EN] Bats (Order Chiroptera) constitute the second most numerous order of mammals known to date, representing approximately twenty percent of all described mammalian species. This group holds particular relevance in public health and epidemiology due to their frequent habitation of areas adjacent to human settlements and/or livestock facilities. Both intrinsic and extrinsic characteristics of bats render them suitable hosts for a wide variety of human pathogens. Their presence can be confirmed through specific molecular nucleic acid amplification techniques or metagenomic studies that enable the characterization of the composition and dynamics of the microbiome of interest. One of the largest and most significant bat roosts in the province of Salamanca is located within the Arribes del Duero Natural Park, encompassing the tourist route known as “El Camino de Hierro.” This route comprises bridges and tunnels that harbor bat colonies of up to 12,000 individuals belonging to 16 different species, all of which are protected under European legislation (Habitats Directive), national law (Law 42/2007 on Natural Heritage and Biodiversity), and the Spanish Catalogue of Threatened Species (Royal Decree 139/2011). Despite hosting such substantial bat colonies and the potential abundance of associated pathogens, this route currently functions as a recreational tourist site, receiving thousands of visitors annually. Within this context, the central hypothesis of this doctoral thesis was formulated: the microbiome present in bat guano from areas subjected to high tourism pressure may harbor microorganisms with zoonotic potential. Furthermore, microbial communities associated with bat colonies in tourist areas may exhibit greater abundance and diversity of antibiotic resistance genes compared to those in colonies located in areas devoid of human activity, suggesting anthropogenic influence on the selection of antimicrobial resistance in these ecosystems. This hypothesis was grounded in the findings of the literature review articles presented in the Introduction. During the development of the Introduction, an inventory of bacterial taxa identified in bat guano over the past five years (2020–2025) was compiled using metagenomics as the primary detection tool. Bacterial species reported in various studies were described, with emphasis placed on those relevant to our research due to their capacity for airborne transmission via aerosolized particles. Subsequently, bacteria exhibiting antimicrobial resistance in published research from the last five years were analyzed, along with the methodological characteristics of these studies, including bacterial identification techniques, antimicrobial resistance detection assays, and statistical methodologies employed. Accordingly, the general objective of this thesis was to evaluate the impact of anthropogenic pressure on the composition of the bat guano microbiome and on the presence of antibiotic resistance genes (ARGs) in bat colonies inhabiting the Arribes del Duero Natural Park, with a focus on implications for public health. To achieve this overarching goal, several specific objectives were defined and addressed across the individual research articles comprising this doctoral dissertation. The first specific objective was to characterize the taxonomic and functional diversity of the bacterial microbiome present in bat guano collected from tunnels along El Camino de Hierro during two distinct seasons (reproductive and hibernation periods), using shotgun metagenomics coupled with bioinformatic analyses. This approach enabled comprehensive description of the bacterial community at both taxonomic and functional levels. The second specific objective focused on the detection of specific pathogens with zoonotic potential in tunnels frequented by humans. Using molecular diagnostic methods (nested PCR) and sequencing, fungi of the genus Histoplasma were identified for the first time on the Iberian Peninsula from fecal samples of bats roosting in these tunnels. The third specific objective aimed to identify and quantify antibiotic resistance genes (ARGs) within the obtained metagenomes, comparing their abundance, diversity, and genomic context between samples collected from sites with high versus low anthropogenic pressure, specifically, tunnels along El Camino de Hierro (Salamanca, Spain; high human exposure) and caves in Guangdong, China (low human exposure). Metagenome-assembled genomes from both locations were compared; ARGs were identified and cross-referenced against homologous human-associated genes in the Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). Results indicated that anthropogenic pressure has altered the microbial environment, as bacterial resistance genes detected in Salamanca samples were absent in those from Guangdong. Collectively, these findings demonstrate that the tunnels of El Camino de Hierro, a tourist destination visited annually by thousands, harbor a bat guano-associated microbiome carrying a notable burden of clinically relevant microorganisms. Through our metagenomic approach, we characterized the taxonomic and functional diversity of this microbiome, identifying bacteria potentially pathogenic to humans as well as fungi of major public health significance within the genus Histoplasma. Moreover, comparative analysis of bacterial genomes assembled from samples collected at El Camino de Hierro and from a pristine cave system in Guangdong (China) suggests that tourism and human activity exert selective pressure that modifies the natural reservoir of antimicrobial resistance in these ecosystems. These results serve as a scientific warning regarding the potential risks associated with opening natural cavities to tourism without prior biosafety assessments. Sustainable management of such spaces must incorporate microbiological surveillance strategies and preventive measures designed to protect both visitors and staff, while simultaneously preserving the ecological integrity of bat colonies.

Epidemiología cultural de la depresión: causalidad y estrategias de afrontamiento en personas mayores de Temuco, Chile

Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT

[ES] La depresión, trastorno del ánimo más prevalente, afecta alrededor del 6% de la población mundial y muestra mayor carga en personas mayores, mujeres y países de menores ingresos. Este estudio analizó, desde la propia perspectiva de personas de 60 años y más de la comuna de Temuco, Chile (2023–2025), las dimensiones subjetivas, sociales, culturales y biológicas que inciden en la depresión y su relación con estrategias de afrontamiento. Se empleó metodología cualitativa de tipo etnográfico (entrevistas en profundidad, observación participante y notas de campo). Los resultados muestran una vivencia compleja y multidimensional, atravesada por soledad, desarraigo y mandatos de género, con el abandono como categoría axial, no solo como ausencia física, sino como desvinculación simbólica y pérdida de reconocimiento. Se observan diferencias por sexo: en varones, modelos de autosuficiencia emocional; en mujeres, desgaste asociado a roles de cuidado. Se constata baja concordancia entre los marcos culturales de las personas mayores y los abordajes biomédicos institucionales, lo que dificulta reconocer el malestar y desalienta la búsqueda de ayuda; persisten brechas de acceso y ausencia de dispositivos integrales, comunitarios e interculturales. Se concluye que la depresión en la vejez requiere enfoques interdisciplinarios, culturalmente pertinentes y basados en derechos, que incorporen trayectorias vitales y significados atribuidos por las propias personas mayores; los hallazgos aportan a la epidemiología cultural y orientan políticas con mayor concordancia cultural y sensibilidad territorial.; [EN] Depression, the most prevalent mood disorder, affects around 6% of the world’s population and places a greater burden on older adults, women, and lower-income countries. This study analyzed, from the perspective of adults aged 60 and over living in the municipality of Temuco, Chile (2023–2025), the subjective, social, cultural, and biological dimensions that shape depression and its relationship with coping strategies. A qualitative, ethnographic methodology was used (in-depth interviews, participant observation, and fieldnotes). The results depict a complex, multidimensional experience marked by loneliness, uprooting, and gender norms, with abandonment as the axial category, understood not only as physical absence but as symbolic disengagement and loss of recognition. Notable sex differences emerged: among men, models of emotional self-sufficiency; among women, wear-and-tear associated with caregiving roles. There is low concordance between older adults’ cultural frameworks and institutional biomedical approaches, which hampers recognition of distress and discourages help-seeking; access gaps persist, as does the absence of comprehensive, community-based, and intercultural care models. We conclude that depression in later life requires interdisciplinary, culturally relevant, rights-based approaches that incorporate life trajectories and the meanings older people attribute to their suffering; the findings contribute to cultural epidemiology and inform policies with greater cultural congruence and place-based sensitivity.

Estudio actualizado de las infecciones de transmisión sexual: análisis en diferentes poblaciones

Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 GMT

[ES] Las infecciones de transmisión sexual (ITS) continúan en ascenso en Europa y España, con patrones heterogéneos según población y contexto. Esta tesis caracteriza la situación local en Salamanca mediante tres estudios complementarios en colectivos vulnerables: trabajadoras del sexo comercial, usuarios de profilaxis preexposición frente al VIH (PrEP) y población migrante procedente de África subsahariana atendidos en el Hospital Universitario de Salamanca. El objetivo principal fue describir la carga y perfil de ITS en estos grupos, así como sus rasgos epidemiológicos clave. Se diseñaron tres estudios: (1) cohorte prospectiva coordinada con APRAMP (09/2024–05/2025) con toma comunitaria y prueba rápida VIH/VHC; (2) estudio observacional retrospectivo de usuarios de PrEP en seguimiento clínico hasta 05/2025; y (3) estudio retrospectivo de migrantes africanos (2005–2025). El diagnóstico incluyó TAAN/RT-PCR para N. gonorrhoeae, C. trachomatis, T. vaginalis y M. genitalium (procesamiento estandarizado en Microbiología), además de serología para sífilis, VHB, VHC y VIH. Se aplicaron análisis descriptivos, pruebas bivariantes (chi-cuadrado, t de Student/ANOVA) y modelos de regresión, considerando p<0,05. En trabajadoras del sexo (N=152) la positividad por PCR fue ≈29% (44/152). T. vaginalis fue el patógeno más frecuente; las coinfecciones fueron poco comunes y, cuando aparecieron, predominó la asociación T. vaginalis–C. trachomatis. No se identificaron casos de VIH ni VHC en esta cohorte y cerca de la mitad carecía de cobertura sanitaria, lo que subraya posibles barreras de acceso a la asistencia sanitaria. En usuarios de PrEP (N=111; mayoría HSH, alta formación y nacionalidad española), el 52,3% presentó PCR positiva para ITS bacterianas: N. gonorrhoeae 31,5% (35 casos), C. trachomatis 18,9% (21), M. genitalium 12,6% (14); T. vaginalis 0%. Hubo coinfecciones en el 10,8%. La historia serológica de sífilis alcanzó el 33,3%, sin hepatitis B ni C activas; la “carga total” (infección actual o previa) llegó al 67,6%. Se observó asociación entre nacionalidad y presencia de ITS y entre cobertura sanitaria y presencia de ITS. El uso consistente de preservativo fue minoritario. En migrantes africanos (N=201; edad media ≈17 años), la positividad por PCR fue baja (13/201), con predominio de C. trachomatis y ausencia de N. gonorrhoeae. La serología mostró anti-HBc 36%, anti-VHC 1,4%, VIH 3% y pruebas treponémicas positivas en 7 casos (RPR negativa), reflejando exposición pasada relevante al VHB. No se hallaron asociaciones significativas para la mayoría de covariables, con las limitaciones de tamaño muestral y diseño transversal. En conjunto, los hallazgos delinean perfiles distintos: alta carga de ITS bacterianas en usuarios de PrEP, T. vaginalis relevante en trabajadoras del sexo y baja prevalencia por PCR en migrantes, pero con antecedentes serológicos que exigen vacunación/seguimiento frente a VHB. Se recomiendan circuitos integrados que combinen PrEP con cribado trimestral de ITS, acceso facilitado a diagnóstico y tratamiento en entornos comunitarios, y estrategias culturalmente adaptadas para migración y trabajo sexual. [EN] Sexually transmitted infections (STIs) are rising across Europe and Spain, with heterogeneous patterns by population and setting. This thesis characterizes the local epidemiology in Salamanca through three complementary studies in vulnerable groups: commercial sex workers, HIV pre-exposure prophylaxis (PrEP) users, and migrants from sub-Saharan Africa attending the University Hospital of Salamanca. The primary aim was to describe STI burden and key epidemiological features in these populations. We conducted: (1) a prospective community-based cohort with APRAMP (09/2024–05/2025) including field sampling and rapid HIV/HCV testing; (2) a retrospective observational study of PrEP users under clinical follow-up through 05/2025; and (3) a retrospective study of sub-Saharan migrants (2005–2025). Diagnostics included NAAT/RT-PCR for N. gonorrhoeae, C. trachomatis, T. vaginalis, and M. genitalium, plus serology for syphilis, HBV, HCV, and HIV. Standard statistical methods were applied (descriptive analyses, chi-square, t-tests/ANOVA, and regression; p<0.05). Among sex workers (N=152), PCR positivity was ~29% (44/152). T. vaginalis was the leading pathogen; coinfections were uncommon and most frequently involved T. vaginalis–C. trachomatis. No HIV or HCV cases were identified in this cohort, and approximately half lacked health coverage, highlighting possible healthcare access barriers. Among PrEP users (N=111; predominantly MSM, highly educated, mainly Spanish), 52.3% had a positive bacterial-STI PCR: N. gonorrhoeae 31.5% (35 cases), C. trachomatis 18.9% (21), M. genitalium 12.6% (14); T. vaginalis 0%. Coinfections occurred in 10.8%. Prior syphilis was documented in 33.3%, with no active HBV or HCV; overall burden (current or past) reached 67.6%. Nationality and health-coverage status were associated with STI positivity. Consistent condom use was uncommon. Among sub-Saharan migrants (N=201; mean age ≈17 years), PCR positivity was low (13/201), with C. trachomatis predominance and no N. gonorrhoeae. Serology showed anti-HBc 36%, anti-HCV 1.4%, HIV 3%, and seven treponemal positives (non-treponemal negative), indicating substantial prior HBV exposure. Most covariates showed no significant associations, acknowledging sample-size and cross-sectional limitations. Taken together, findings depict distinct profiles: high bacterial-STI burden among PrEP users, a prominent role of T. vaginalis in sex workers, and low PCR-confirmed prevalence in migrants but with serological footprints warranting HBV vaccination/follow-up. Integrated pathways are advised, combining PrEP with quarterly STI screening, community-based access to testing and treatment, and culturally tailored strategies for migrants and sex workers.

Potencial antitumoral y antiparasitario de compuestos bioactivos de plantas mexicanas de uso etnomedicinal

Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 GMT

[ES] El cáncer y las enfermedades parasitarias son dos de los principales retos para la salud pública mundial. A pesar de sus diferencias etiológicas y clínicas, ambos padecimientos comparten una necesidad común: el desarrollo de nuevas alternativas terapéuticas eficaces y seguras. En este contexto, el objetivo fue evaluar el potencial antitumoral y antiparasitario, in vitro e in vivo, de compuestos bioactivos aislados de plantas mexicanas con uso etnomedicinal. Las plantas Amphipterygium adstringens, Artemisia ludoviciana, Cymbopogon citratus, Heterotheca inuloides, Jatropha dioica, Justicia spicigera, Larrea tridentata, Mimosa tenuiflora, Psacalium decompositum, Ruta chalepensis, Semialarium mexicanum y Smilax aspera fueron adquiridas en la herbolaria Pacalli. De todas se obtuvieron extractos metanólicos crudos mediante extracción Soxhlet. La actividad antitumoral in vitro se evaluó sobre células de linfoma murino L5178Y-R, utilizando PBMC humanas como control de células sanas. Todos los extractos mostraron actividad biológica; sin embargo, A. ludoviciana, J. spicigera y M. tenuiflora destacaron por su citotoxicidad selectiva. De estos extractos se obtuvieron particiones con n-hexano, cloroformo y metanol mediante extracciones Soxhlet, siendo las particiones de M. tenuiflora las más activas. Mediante cromatografía en columna de la partición hexánica se aisló un compuesto con actividad antitumoral in vitro moderada. Paralelamente, los extractos metanólicos de las 12 plantas se evaluaron contra larvas de Strongyloides venezuelensis y Trichinella spiralis. El extracto de R. chalepensis presentó la mayor actividad antiparasitaria frente a ambas especies. Por ello, se fraccionó con los mismos solventes, siendo la partición hexánica como la más activa. De esta se aisló un compuesto puro, la chalepensina, que mostró actividad antitumoral y antiparasitaria in vitro. Posteriormente, se evaluó su toxicidad aguda en ratones BALB/c, determinando que una dosis intraperitoneal de 1000 mg/kg no causó signos de toxicidad ni mortalidad. En el modelo murino de linfoma L5178Y-R, el tratamiento con chalepensina a 100 mg/kg (tres dosis) redujo el crecimiento tumoral y prolongó la supervivencia. En el modelo de infección por T. spiralis, la chalepensina disminuyó el número de larvas en los tres estadios (intestinal, migratorio y enquistado), siendo más eficaz frente a las intestinales. Estos hallazgos respaldan el potencial de las plantas medicinales mexicanas como fuente de nuevos metabolitos bioactivos con propiedades antitumorales y antiparasitarias.; [EN] Cancer and parasitic diseases are among the main challenges to public health worldwide. Despite their distinct etiological and clinical characteristics, both conditions share a common need: the development of new, effective, and safe therapeutic alternatives. This study aimed to evaluate the in vitro and in vivo antitumor and antiparasitic potential of bioactive compounds isolated from ethnomedicinal Mexican plants. To this end, the plantas Amphipterygium adstringens, Artemisia ludoviciana, Cymbopogon citratus, Heterotheca inuloides, Jatropha dioica, Justicia spicigera, Larrea tridentata, Mimosa tenuiflora, Psacalium decompositum, Ruta chalepensis, Semialarium mexicanum, and Smilax aspera were acquired from the Pacalli herbalist. Crude methanol extracts were obtained from each using Soxhlet extraction. Antitumor activity was assessed against murine lymphoma L5178Y-R cells, with human PBMCs as a healthy control model. All extracts showed biological activity; however, A. ludoviciana, J. spicigera, and M. tenuiflora exhibited selective cytotoxicity. From these, n-hexane, chloroform, and methanol fractions were prepared via sequential Soxhlet extraction, with M. tenuiflora fractions showing the highest activity. A compound was isolated from the hexane fraction by column chromatography, exhibiting only moderate in vitro activity. The methanolic extracts were also evaluated against Strongyloides venezuelensis and Trichinella spiralis larvae. R. chalepensis displayed the highest antiparasitic activity against both parasites. Therefore, its n-hexane, chloroform, and methanol fractions were obtained. The n-hexane fraction was identified as the most active. From this fraction, a pure compound, chalepensin, was isolated. Chalepensin demonstrated both antitumor and antiparasitic activity in vitro. Its acute toxicity was assessed in BALB/c mice, revealing no signs of toxicity or mortality at 1000 mg/kg via intraperitoneal administration. In the L5178Y-R murine lymphoma model, chalepensin treatment at 100 mg/kg (three doses) significantly reduced tumor growth and extended survival. In the T. spiralis infection model, chalepensin reduced larval counts in all stages (intestinal, migrating, and encysted), with the strongest effect against intestinal larvae. Overall, these results highlight the potential of traditional Mexican medicinal plants as sources of novel bioactive compounds with promising antitumor and antiparasitic properties.

Analysis of the tick-host interface and development of vaccines against Ornithodoros moubata

Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 GMT

[EN] The development of successful anti-tick vaccines depends largely on the identification of tick-derived antigens capable of eliciting protective immune responses in the host. This requires a thorough understanding of the molecular interactions occurring at the tick-host interface to facilitate the selection of promising antigen candidates. In other tick species, various molecular and cellular components-including proteins, non-coding RNAs, and the microbiome-have been shown to play critical roles at the tick-host-pathogen interface influencing tick development, reproduction and pathogen transmission. In O. moubata, knowledge of these molecular and microbial components and their involvement in host-parasite interactions remains limited. The application of omics technologies to study these components may provide valuable insights to inform the rational design of efficient anti-O. moubata vaccines. This Doctoral Thesis investigates the O. moubata-host interface by focusing on three key components-salivary miRNAs, salivary proteins, and the microbiome-using omics-based approaches to enhance our understanding of the molecular mechanisms underlying these interactions. Given the lack of prior information on the identity of O. moubata miRNAs and their potential roles in tick physiology and tick-host interactions, in the first chapter of this thesis, we have characterised the miRNAs present in the saliva of O. moubata and Ornithodoros erraticus, the Mediterranean vector of ASF and TBRF, and have predicted their putative target genes in the swine host (Sus scrofa), including an in silico functional analysis. To this end, small RNAs were sequenced using next-generation sequencing (NGS), and a total of 379 miRNAs were identified by mapping to the RNAcentral database. Functional analysis of the predicted host target genes suggested that O. moubata salivary miRNAs may be involved in key processes at the tick-host interface, including signal transduction, transcriptional regulation, synapse modulation, immune response, angiogenesis, and vascular development (Cano-Argüelles et al., 2023. Ticks and Tick-borne Diseases 14, no 6, p. 102249). In the second chapter, we investigated the regulatory roles of miRNAs in the salivary glands of O. moubata and O. erraticus. For this purpose, previously generated sialotranscriptomes of O. moubata and O. erraticus were used to predict putative miRNA target genes in silico. Subsequently, the in silico predictions for O. moubata were experimentally validated for several well-characterised miRNAs using antagomirs to induce miRNA knockdown in adult females. This approach enabled us to identify differentially expressed salivary genes in response to miRNA knockdown, thereby confirming them as miRNA targets, and to detect significant impairments in tick feeding, reproduction, and survival associated with miRNA silencing (Cano-Argüelles et al., 2025. Pathogens 14, no 6, p. 595). The results exposed in these two chapters underscore the importance of miRNAs in tick physiology and tick-host interactions, offering new insights into this complex interface. These findings may contribute to the more precise selection of tick-derived molecules for the development of therapeutic or immunological strategies aimed at controlling tick infestations and the transmission of tick-borne pathogens. In the third chapter, a vaccinomics approach was employed to identify potential vaccine targets among O. moubata salivary proteins recently characterised in the O. moubata sialome. Seven secreted salivary proteins, predicted to be antigenic and involved in blood-feeding and modulation of host immune response, were selected for further evaluation. The proteins were expressed as recombinants, formulated with Montanide adjuvant, and administered to rabbits. Vaccine efficacy ranged from approximately 8% to 32%, with four candidates demonstrating potential for inclusion in multi-antigen vaccine formulations. These results validate the vaccinomics pipeline applied and support the selection of 57% of the tested candidates as promising antigens for the development of anti-O. moubata vaccines (Cano-Argüelles et al., 2025. Ticks and Tick-borne Diseases 16, no 3, p. 102483). Finally, considering the critical role of the tick microbiome in physiology, reproduction, vector competence, nutrition, immunity, and host-pathogen interactions-as demonstrated in other tick species-the fourth chapter implemented a combined in silico and in vivo approach to investigate whether microbiota-targeted vaccination could alter keystone taxa and affect the microbial community structure and fitness of O. moubata. Vaccination targeting Pseudomonas spp. (identified as a keystone taxon in O. moubata) and Lactobacillus spp. (a non-keystone taxon) revealed that the former significantly reduced female survival, while the latter impaired oviposition and fertility. Co-occurrence network analysis of the O. moubata midgut microbiome following vaccination indicated shifts in microbial diversity and community composition, underscoring the influence of the vaccine target on microbiome structure. Further analysis of community assembly dynamics and network robustness emphasized the pivotal role of keystone taxa in maintaining microbiome structure and stability. These results offer valuable insights into the microbial network dynamics of O. moubata and support the potential of microbiota-targeted vaccines as a novel strategy for tick control (Cano-Argüelles et al., 2024. Molecular Ecology 33, no 18, p. e17506). The results of this thesis advance our understanding of the complex molecular mechanisms underlying tick-host interactions and identify novel antigen candidates for the development of anti-Ornithodoros vaccines. This work supports the reliability of two complementary omics-based approaches for designing innovative vaccines targeting tick populations and provides a foundation for future strategies aimed at controlling ticks and the diseases they transmit.

Complejo mayor de histocompatibilidad clase ii porcino: polimorfismos e inmunopeptidomas propios y de patógnes de interés veterinario

Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 GMT

[ES] La especie porcina ha brindado grandes beneficios a la humanidad y, especialmente, la producción porcina dada la creciente demanda de carne de cerdo como fuente de proteína. Los sistemas de producción se enfrentan a diferentes retos y, entre ellos, están el manejo de las resistencias a los fármacos y el control de enfermedades infecciosas, algunas de gran impacto sanitario y económico. Enfermedades como la salmonelosis, colibacilosis y leptospirosis tienen un gran impacto en la salud animal y humana por su potencial zoonótico. El tratamiento de estas enfermedades con elevadas dosis de antibióticos ha favorecido el fenómeno de resistencia y aumentado, por tanto, el riesgo de morbilidad/mortalidad. Lo anterior hace necesario centrarse en la medicina preventiva, y especialmente, en las vacunas como alternativas a los antibióticos. Sin embargo, la identificación de antígenos bacterianos candidatos a vacunas que logren estimular una amplia respuesta inmunitaria adaptativa es otro gran reto. Por ello, las vacunas disponibles frente a estos patógenos se basan fundamentalmente en plataformas de bacterias vivas o atenuadas. En los últimos años, los avances con técnicas proteómicas como la espectrometría de masas han contribuido al desarrollo de la inmunopeptidómica, un método bio-analítico que permite la identificación de epítopos bacterianos presentados en el contexto de las moléculas del Complejo Mayor de Histocompatibilidad (CMH) y que pueden ser incluidos en novedosas plataformas vacunales basadas en péptidos. Los estudios inmunopeptidómicos pueden también mejorar enormemente nuestra comprensión de las vías de procesamiento y presentación de los antígenos. En la especie porcina no se han publicado estudios de inmunopeptidómica con moléculas CMH clase II. Las moléculas clase II del CMH se expresan en células profesionales presentadoras de antígenos como los macrófagos y las células dendríticas, entregando antígenos exógenos a los linfocitos T colaboradores CD4+, potenciando así la inmunidad adaptativa. En este trabajo se llevó a cabo la tipificación basada en secuenciación del gen porcino homólogo al CMH-II humano (SLA-DRB1) en porcinos de razas criollas colombianas e híbridos comerciales, comparando los resultados con datos reportados a nivel mundial. Se identificaron 21 alelos en seis poblaciones diferentes de Colombia. La diversidad del gen SLA-DRB1 en las poblaciones porcinas colombianas analizadas fue baja, con la mayor diversidad alélica en las poblaciones de Manta, Casco de Mula y San Pedreño. El alelo 02:01:01 se encontró en 5 poblaciones analizadas y se evidenció una menor diversidad alélica en los porcinos domésticos que en el jabalí. Por otra parte, se estimularon macrófagos obtenidos a partir de células mononucleares de sangre periférica (PBMCs) de cerdos donantes homocigotos para el gen SLA-DRB1 con los patógenos Salmonella typhimurium, Escherichia coli y Leptospira pomona de forma independiente, durante un período de 20 horas. Las células infectadas se lisaron y los inmunocomplejos fueron capturados utilizando una columna de afinidad basada en el anticuerpo L243 unido a proteína A. Los péptidos eluidos fueron analizados por espectrometría de masas con el fin de identificar el mayor número de péptidos bacterianos posibles y con el fin de garantizar la calidad de las identificaciones utilizadas para el entrenamiento de la red neural ajustada. La mayoría de los péptidos identificados resultaron del procesamiento interno (97,89 %) mientras que los péptidos de origen bacteriano representaron un porcentaje menor (2,11%). De particular interés vacunal son los péptidos bacterianos identificados: 31 péptidos de Salmonella typhimurium, 3 de Leptospira pomona y 84 de E. coli. Se identificaron varios péptidos de la proteína de membrana externa-A y de la proteína chaperonina GroEL, que podrían ser considerados candidatos vacunales promisorios. Finalmente, se utilizaron los péptidos identificados por espectrometría de masas para el entrenamiento de los predictores. Se trabajó con el servidor GibbsCluster que identifica motivos de unión al CMH-Clase II, NetMHCIIpan-4.0 para predecir la capacidad de elución de las moléculas analizadas ajustado con los alelos del estudio y con el predictor MixMHC2pred para estudiar la afinidad de unión con el SLA. Se observó que la mayoría de los péptidos aislados en el proceso de inmunopurificación fueron predichos por la red neural ajustada NetMHCIIpan-4.0. Sin embargo, encontramos diferencias en las predicciones de los motivos de elución para cada uno de los haplotipos analizados. Como conclusión, el enfoque de inmunopeptidómica aplicado en este estudio fue una estrategia útil con la cual se logró la caracterización de los perfiles de elución de las moléculas clase II de tres individuos homocigotos. Los métodos aplicados y los resultados obtenidos pueden sentar las bases para i) el desarrollo de herramientas eficaces de predicción de epítopos inmunogénicos y ii) la selección de candidatos a vacunas a integrar en plataformas vacunales basadas en multi-epítopos, soluciones de gran interés para la prevención y manejo de enfermedades infecciosas en animales de producción.

Patrón clínico y evolutivo de la Fiebre Hemorrágica de Crimea Congo en España

Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 GMT

[ES] El primer brote documentado de infecciones por el virus de la fiebre hemorrágica de Crimea-Congo (VFHCC) tuvo lugar en la península de Crimea en 1944, en el contexto de la Segunda Guerra Mundial. Durante este episodio, aproximadamente 200 soldados del ejército soviético desarrollaron un cuadro clínico de fiebre hemorrágica, inicialmente descrito como "fiebre hemorrágica de Crimea" (1). La tasa de letalidad estimada fue del 10%. Investigaciones posteriores, que incluyeron la inoculación experimental de suspensiones filtradas de garrapatas en voluntarios humanos —incluyendo soldados y pacientes psiquiátricos— permitieron establecer una asociación epidemiológica entre la enfermedad y la exposición a garrapatas (2). Sin embargo, el agente etiológico no fue aislado hasta 1967, cuando el virólogo soviético Mikhail Chumakov logró su identificación a partir de una muestra clínica de un paciente en Uzbekistán (3). Este hallazgo permitió confirmar que varios brotes previamente registrados en diferentes regiones de la Unión Soviética y en Bulgaria, eran causados por el mismo agente viral. Además, se estableció la identidad del virus con otro patógeno aislado en 1956 durante un brote en la actual República Democrática del Congo (antiguamente Zaire), conocido en aquel entonces como “virus del Congo”. Subsecuentemente, se recuperaron virus idénticos en garrapatas y animales en Nigeria y Uganda. Dada esta evidencia, se propuso unificar la nomenclatura bajo el término “virus de la fiebre hemorrágica de Crimea-Congo” (VFHCC) (1,4). Desde entonces, diversos estudios virológicos, moleculares y epidemiológicos han confirmado inequívocamente que se trata del mismo virus, caracterizado por su amplia distribución geográfica y su condición de endemia en extensas regiones de África, Oriente Medio, Asia meridional y sudoriental, así como Europa oriental (5). En las últimas décadas, se ha documentado una expansión progresiva hacia áreas de Europa occidental y meridional. La amplia distribución del virus tanto en garrapatas como en vertebrados sugiere que las infecciones por el VFHCC han ocurrido durante milenios. Ya en el siglo XII fue descrita una enfermedad con características clínicas muy similares, asociada a la picadura de garrapata, en las regiones de Tayikistán y Uzbekistán (1,4).

Vacunas multiantígenas frente a la garrapata Ornithodoros Erraticus, vector de la peste porcina africana

Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 GMT

[ES] Las garrapatas son artrópodos hematófagos, ectoparásitos temporales de vertebrados terrestres, incluyendo anfibios, reptiles, aves y mamíferos. Las garrapatas son ácaros que pertenecen al Orden Parasitiformes y Suborden Ixodida. Se conocen alrededor de 907 especies que se clasifican principalmente en 2 grandes familias, Ixodidae y Argasidae. Estas familias presentan entre sí notables diferencias morfológicas y biológicas. Existe una tercera familia, Nuttalliellidae, cuya única especie, Nuttalliella namaqua, posee simultáneamente características de las otras dos familias, por lo que es considerada un ancestro común (Barker y Murrell, 2008; Latif et al., 2012; Mans et al., 2016, 2019). Por sus múltiples funciones biológicas, las moléculas salivales de las garrapatas han generado gran interés debido a su posible aplicación práctica en diversos ámbitos vinculados a la salud humana y veterinaria. Primero, por su posible utilidad en el desarrollo de nuevos fármacos para el tratamiento de trastornos vasculares, inflamatorios o autoinmunes (Chmelař et al., 2019; Aounallah et al., 2020). Segundo, como dianas antigénicas para el desarrollo de vacunas anti-garrapata y vacunas bloqueantes de la transmisión de patógenos (Costa et al., 2021; Olajiga et al., 2021; van Osterwijk and Wikel, 2021; Abbas et al., 2023). Y tercero, como marcadores biológicos del riesgo de exposición a vectores, es decir, como antígenos para el serodiagnóstico de los parasitismos por garrapatas, de aplicación en estudios epidemiológicos para localizar poblaciones de estos parásitos o para medir el riesgo de contraer enfermedades transmitidas por garrapatas al que están expuestas las poblaciones de hospedadores (Nebreda Mayoral et al., 2004; Alarcón- Chaidez et al., 2006; Vu Hai et al., 2013a, 2013b, 2014; Mihaljica et al., 2021).

Estudio epidemiológico del SARS-COV2: variante Wuhan, Alpha y Delta. Factores de riesgo asociados a la carga vírica

Mon, 01 Jan 2024 00:00:00 GMT

[ES] La pandemia del COVID-19 ha afectado a nuestro país, causando innumerables muertes y ocasionando un Estado de Alarma sin precedentes en los últimos tiempos. En esta Tesis Doctoral se hace un estudio pormenorizado de las principales variantes (Wuhan, Alpha y Delta), predominantes en la provincia de Salamanca durante diferentes olas comprendidas entre los dos primeros años de la pandemia (2020 y 2021), con el fin de analizar sus características principales y compararlas con la literatura previamente publicada. Para ello se seleccionan, de forma aleatoria, 100 pacientes infectados de cada tipo de variante, con un número de ciclos inferior a 35 y se analizan estadísticamente de forma individualizada y comparativa entre ellas, utilizando para ello el lenguaje de programación Python. Este estudio se centra en hallar las caracter´ısticas socio-demográficas de cada variante, analizar la carga vírica y los factores que pueden influir en ella y estudiar la gravedad de la enfermedad generada por cada una de ellas. Se llega a la conclusión de que la variante Wuhan afectó mayoritariamente a la población más envejecida, causando un mayor número de síntomas “Graves”, un mayor número de neumonías y un mayor número de hospitalizaciones y muertes que sus variantes sucesoras. No obstante, a medida que el virus muta se hace cada vez más virulento, aumentando su carga viral, especialmente en los colectivos más vulnerables, de mayor edad y con mayor número de antecedentes previos, sin llegar a generar las repercusiones que tuvo la variante original debido, en gran parte, a las medidas socio-sanitarias adoptadas, como son el caso de las vacunas.

Epidemiología cultural en la enfermedad diarreica aguda en áreas rurales de la región Caribe Colombiana

Mon, 01 Jan 2024 00:00:00 GMT

[ES] La presente investigación tiene como objetivo identificar los determinantes culturales que intervienen en la ocurrencia de la enfermedad diarreica aguda en la región Caribe colombiana, realizar un análisis comparativo en la influencia de los determinantes culturales particulares en área rural y determinar la influencia de las creencias, hábitos y costumbres de la población en la ocurrencia de la enfermedad. El estudio se realiza en El Roble (Sucre), Tubará (Atlántico) y Manguelito (Córdoba), de la Región Caribe colombiana. Se aborda desde la epidemiología cultural, usando la investigación-acción participativa con método mixto y predominancia cualitativa. La cultura en las enfermedades infecciosas como variable, tradicionalmente se ha analizado como factores de riesgo y determinantes sociales desagregados y no está claramente definida. Se utiliza la Matriz de procesos críticos para establecer los aspectos culturales relacionados con la EDA en área rural a partir de la literatura consultada en bases de datos de revistas indexadas y datos epidemiológicos del INS y DANE (2016-2022). La ponderación de los aspectos ambientales se establece con la matriz de Leopold. La recopilación de datos incluye cuestionarios, audios y observaciones, con entrevistas semiestructuradas, grupo focal y la participación de líderes rurales por su disposición y afinidad social. El análisis de la información se realiza categorizando y codificando las imágenes y verbalizaciones, tabulando y triangulando los datos, comparando determinantes culturales y la ocurrencia de la enfermedad. Los resultados muestran que existe subregistro epidemiológico en áreas rurales y destacan factores ambientales y culturales como medidas de higiene, disposición de residuos, y defecación a campo abierto, la infraestructura de las viviendas y prácticas de higiene también influyen en la salud. Se identifican la alimentación, inmunobiológicos, y educación como elementos clave para la salud. En conclusión, Los aspectos comportamentales, de hábitos, usos y costumbres conforman elementos culturales que inciden en la ocurrencia de la enfermedad se requiere sensibilización en competencias de salud pública en las personas para fomentar medidas de higiene, cuidado ambiental y educación en autocuidado para reducir enfermedades infecciosas y zoonóticas. Empoderar a los ciudadanos permite identificar y priorizar intervenciones ambientales para mejorar la salud colectiva. [EN] The objective of this research is to identify the cultural determinants that intervene in the occurrence of acute diarrheal disease in the Colombian Caribbean region, carry out a comparative analysis of the influence of particular cultural determinants in rural areas and determine the influence of beliefs, habits and customs of the population in the occurrence of the disease. The study is carried out in El Roble (Sucre), Tubará (Atlántico) and Manguelito (Córdoba), in the Colombian Caribbean Region. It is approached from cultural epidemiology, using participatory action research with mixed methods and qualitative predominance. The variable "infectious disease culture" has traditionally been analyzed as disaggregated risk factors and social determinants and is not clearly defined. The Matrix of critical processes is used to establish the cultural aspects related to EDA in rural areas based on the literature consulted in databases of indexed journals and epidemiological data from the INS and DANE (2016-2022). The weighting of envi Data collection includes questionnaires, audios and observations, with semi-structured interviews and a focus group and the participation of rural leaders due to their disposition and social affinity. The analysis of the information is carried out by categorizing and coding the images and verbalizations, tabulating and triangulating the data, comparing cultural determinants and the occurrence of the disease. The results show that there is epidemiological underreporting in rural areas and highlight environmental and cultural factors such as hygiene measures, waste disposal, and open defecation, housing infrastructure and hygiene practices also influence health. Food, immunobiologicals, and education are identified as key elements for health. In conclusion, cultural aspects affect the occurrence of the disease, awareness of public health competencies is required in people to promote hygiene measures, environmental care and self-care education to reduce infectious and zoonotic diseases. Empowering citizens allows us to identify and prioritize environmental interventions to improve collective health.

Plantas usadas en la medicina tradicional maya: estudio fitoquímico y determinación de la actividad leishmanicida

Mon, 01 Jan 2024 00:00:00 GMT

[ES] En este Trabajo de Doctorado se plantea la búsqueda de nuevas moléculas activas, aisladas de fuentes naturales de origen vegetal, para el tratamiento de la Leishmaniasis. Basándose en el conocimiento de la Medicina Tradicional Maya, contenida en los libros sagrados “Chilam Balam” y “Popol Vuh”, se seleccionaron las especies descritas para el tratamiento de enfermedades transmitida por la picadura de mosquitos, unas 16 especies de plantas, de ellas, 5 (Hylocerus undatus, Bauhinia divaricata, Euphorbia hirta, Ruellia nudiflora, y Cedrela odorata) se ensayaron in vitro frente a amastigotes axénicos de Leishmania mexicana. Todas a excepción de B. divaricata mostraron inhibición del crecimiento del parásito con IC50 comprendida entre 122,5 y 14,8 μg/mL. Se realizó el fraccionamiento con disolventes de polaridad creciente (n-Hex, CHCl3 y AcOEt) de Cedrela odorata y Euphoria hirta, siendo la fracción más activa la de CHCl3 de E. hirta con IC50 = 1,7 μg/mL, por lo que se purificó en cromatografía de columna (CC) aislando e identificando tres flavonoles quercetina (110), miricetina (111) y kaempferol (112) y la cumarina escopoletina (113), de ellos 110 fue la más activa con IC50 = 2,92 μM. Adicionalmente, se realizó el estudio de la actividad leishmanicida de Tridax procumbens L., planta usada en la medicina tradicional Maya para el tratamiento de enfermedades parasitarias, entre otras dolencias. En este caso, la preparación del extracto se realizó usando fluidos supercríticos (CO2), y se analizó el efecto de las distintas variables: presión, temperatura y tiempo de extracción en relación al mejor rendimiento en extracto, que fueron 200 bar, 40 ºC y 4,5 h, (cantidad de extracto obtenida 0,2230 mg/g). El extracto se fraccionó con eluyentes de polaridad creciente, y de la fracción de CHCl3 se aisló por CC 1,18 g del (3S)-16,17-dideshidrofalcarinol (18), compuesto que mostró excelentes propiedades leishmanicidas con IC50 = 0,74 μM. Por otro lado, y dado que el compuesto 18 fue el más activo, se puso a punto un método de síntesis aplicando principios de química verde, que implica la formación de dos sintones, el A (8 etapas de reacción) y el B (1 etapa), que se unen por un acoplamiento cruzado para obtener 18 en forma racémica con un 21% de rendimiento, que por purificación por HPLC proporciona el (3S)-16,17-dideshidrofalcarinol (18). Todos los compuestos obtenidos han sido purificados mediante técnicas cromatográficas, y caracterizados por sus propiedades físico-químicas y espectroscópicas: IR, HR-MS, RMN 1H y RMN 13C. [EN] The aim of this doctoral thesis was the search for new active molecules, isolated from plant sources, for the treatment of Leishmaniasis. Based on the knowledge of Traditional Mayan Medicine, contained in the sacred books "Chilam Balam" and "Popol Vuh", the species described for the treatment of diseases transmitted by mosquito bites were selected, about 16 species of plants, 5 of them (Hylocerus undatus, Bauhinia divaricata, Euphorbia hirta, Ruellia nudiflora, and Cedrela odorata) were tested in vitro against axenic amastigotes of Leishmania mexicana. All except B. divaricata showed inhibition of parasite growth with an IC50 ranging from 122.5 to 14.8 μg/mL. Partition was performed with solvents of increasing polarity (n-Hex, CHCl3 and AcOEt) of Cedrela odorata and Euphoria hirta, with the most active fraction being the CHCl3 of E. hirta with IC50 = 1,7 μg/mL, therefore it was purified by column chromatography (CC) isolating and identifying three flavonols quercetin (110), myricetin (111) and kaempferol (112) and the coumarin scopoletin (113), of which quercetin was the most active with IC50 = 2.92 μM. Additionally, a bioguided assay was conducted on the leishmanicidal activity of Tridax procumbens L., a plant used in traditional Mayan medicine for the treatment of parasitic diseases, among other ailments. In this case, the preparation of the extract was carried out using supercritical fluids (CO2), and the effect of the different variables: pressure, temperature and extraction time was analyzed in relation to the best extract yield, which was 200 bar, 40 ºC and 4,5 h, (amount of extract obtained 0,2230 mg/g). The extract was fractionated with eluents of increasing polarity, and from the CHCl3 fraction 1,18 g of (3S)-16,17-dideshydrofalcarinol (18), a compound that showed excellent leishmanicidal properties with IC50 = 0,74 μM, was isolated by CC. On the other hand, and since compound 18 was the most active, a synthesis method was adjusted by applying green chemistry principles, involving the formation of two synthons, A (with 8 reaction steps) and B (1 step), which were combined by a crosscoupling reaction to obtain 18 in racemic form in 21% yield, which by HPLC purification provides the enantiomer (3S)-16,17-dideshydrofalcarinol (18). All the compounds obtained have been purified by chromatographic techniques and crystallization in some cases, and characterized by physicochemical and spectroscopic properties: IR, HR-MS, 1H-NMR and 13C-NMR.

Análisis epidemiológico, genómico y proteómico de Leishmania infantum en Colombia

Mon, 01 Jan 2024 00:00:00 GMT

[ES] La leishmaniasis es una enfermedad transmitida por vectores (ETV) que engloba diferentes formas clínicas, como la cutánea (LC), mucosa (LM) y visceral (LV). En conjunto, estas parasitosis se consideran enfermedades tropicales desatendidas, asociadas a la pobreza y el olvido. A nivel mundial, las especies del complejo Leishmania donovani son los principales agentes causales de la LV, seguidas en menor medida por las especies del complejo L. enrietti. En regiones como Centro y Sur América, la cuenca del Mediterráneo y el este de África, es la especie L. infantum la más prevalente. A nivel de Sur América, aunque Colombia es uno de los países endémicos para la LV; en el país, poco se estudia sobre la epidemiología de la enfermedad, la biología de L. infantum y los patrones evolutivos de este parásito. Actualmente, la LV presenta diversas problemáticas, entre las que destacan: i) la aparición de casos en nuevas zonas de transmisión, ii) la coinfección con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y otros agentes infeccioso, iii) la falta de desarrollo de herramientas para identificar posibles eventos de coinfección, y iv) el incremento en la falla terapéutica debido principalmente a la circulación de cepas resistentes a los tratamientos de primera línea como el Estibogluconato de sodio (Sb), la Anfotericina B (AMB) y la Miltefosina (MIL). Ante la gravedad de la enfermedad, la vulnerabilidad de las poblaciones expuestas, la expansión de los focos de transmisión, las lagunas en el conocimiento de la resistencia y la necesidad apremiante de identificar nuevos blancos terapéuticos; ha surgido el interés de estudiar la especie L. infantum a nivel local, generando datos relevantes que puedan ser útiles y extrapolables a nivel regional y mundial. Considerando el contexto anterior, nuestra propuesta de investigación se enfocó en abordar la LV desde cuatro perspectivas clave, utilizando herramientas bioestadísticas, epidemiológicas, moleculares y bioinformáticas: 1) Se realizó un análisis de los datos oficiales y de las publicaciones científicas disponibles para describir las características demográficas de los pacientes, estudiar los cambios en los patrones espaciales y temporales de la distribución de casos de LV en Colombia durante el periodo de 2007 y 2018, especialmente en términos de incidencia; así mismo, se exploró la relación entre la distribución de especies del vector Lutzomyia spp. y la incidencia de casos a nivel nacional. 2) A partir de la innovadora propuesta de utilizar secuenciación basada en amplicones (amplicon-based sequencing) para un fragmento de el gen HSP70, se logró detectar la presencia de eventos de coinfección por diversas especies de Leishmania e incluso Trypanosoma spp. en muestras de vectores, mamíferos silvestres y domésticos, y pacientes con LC, LV; además, se identificó la circulación de especies de Leishmania que no habían sido descritas previamente en algunos departamentos de Colombia. 3) Al comparar el genoma de 4 aislamientos de L. infantum de Colombia contra genomas de esta especie provenientes de diferentes partes del mundo, se consiguió caracterizar la diversidad genética de la especie tanto dentro como entre los grupos (clasificados por ubicación geográfica: América, Europa, África, Asia y Colombia), identificando cuatro poblaciones definidas de la especie y sus distribuciones geográficas; además, se observó una relación filogenética más estrecha entre los genomas de Colombia con los de Europa y el norte de África que con respecto a los genomas de la región; así mismo, se encontraron interesantes diferencias entre las secuencias de nucleótidos de los principales antígenos del parásito usados en el diagnóstico de la LV. Finalmente, 4) Mediante el empleo de proteómica de alta profundidad, se caracterizaron cualitativa y cuantitativamente los cambios proteicos en L. infantum con resistencia inducida al SbIII, los promastigotes de esta línea resistente tuvieron cambios en cinética de su crecimiento, pues aunque los dos grupos (silvestre y resistente) alcanzaron la fase logarítmica, en el último tomo más tiempo; adicionalmente, la línea resistente tuvo una importante producción de proteínas relacionadas con la transcripción y traducción, el metabolismo de lípidos, el metabolismo de carbohidratos, la compensación energética y la biogénesis de peroxisomas; mientras que, se observó un panorama de reducción de las proteínas asociadas al metabolismo del hierro y de metales. La presente tesis destaca la importancia de abordar la leishmaniasis visceral desde diversas perspectivas, empleando una amplia gama de métodos y herramientas centrados en la investigación no solo del parásito, sino también de sus vectores y reservorios, permitiendo una mejor comprensión de la enfermedad a nivel local y global. Por un lado, se ha analizado el impacto de diversos factores sobre la LV a lo largo del tiempo y el espacio en Colombia. Por otro lado, el desarrollo de una estrategia eficaz para la identificación simultánea de diferentes especies de Leishmania y Trypanosoma en un mismo individuo ha expuesto la ocurrencia de eventos de coinfección, relacionando su influencia en la gravedad y el curso de la enfermedad en países endémicos para ambas patologías. Asimismo, el estudio de la diversidad genética de los parásitos autóctonos ha contribuido a comprender mejor el flujo genético y las relaciones filogenéticas de la especie a nivel global, proporcionando una base genética para entender las variaciones en la sensibilidad de ciertos antígenos utilizados en el diagnóstico de la LV. Por último, pero no menos importante, se ha ampliado la comprensión de la resistencia de L. infantum al estibogluconato de sodio, revelando un panorama complejo y multifactorial que incluye eventos no considerados previamente; y aunque, no es posible señalar nuevos blancos terapéuticos con certeza, confiamos en que esta información puede ser crucial para el desarrollo de nuevas propuestas terapéuticas o la mejora de las existentes. [EN] Leishmaniasis, a vector-born disease (VBD), presents various clinical forms including cutaneous (CL), mucosal (LM), and visceral (VL). These parasitic illnesses are collectively categorized as neglected tropical diseases due to their association with poverty and lack of attention. Globally, the main causative agents of VL belong to the Leishmania donovani complex, with species of the L. enrietti complex playing a lesser role. In regions like Central and South America, the Mediterranean basin, and eastern Africa, L. infantum is the predominant species associated. Despite Colombia being one of the endemic countries for VL in South America, there remains limited research on the epidemiology of the disease, the biology of L. infantum, and the evolutionary patterns of this parasite within the country. Currently, VL presents several challenges, including: i) emergence of cases in new transmission areas, ii) coinfection with HIV and other pathogens, iii) lack of tools to identify potential coinfection events and iv) increasing therapeutic failures primarily due to the circulation of strains resistant to first-line treatments like Sodium Stibogluconate (Sb), Amphotericin B (AMB), and Miltefosine (MIL). Given the disease's severity, the vulnerability of affected populations, the spread of transmission foci, gaps in resistance knowledge, and the urgent need to identify new therapeutic targets, there's a growing interest in studying L. infantum locally. This aims to generate relevant data applicable not only at a regional but also at a global level. Considering the abovementioned context, our research aimed to address VL from four main perspectives, utilizing biostatistical, epidemiological, molecular, and bioinformatic tools. Firstly, we analyzed official data and scientific literature to describe the demographic characteristics of patients and examine changes in the spatial and temporal distribution patterns of VL cases in Colombia from 2007 to 2018, particularly focusing on incidence rates. Additionally, we investigated the correlation between the distribution of Lutzomyia spp. vectors and the incidence of cases nationwide. Secondly, we employed amplicon-based sequencing targeting a fragment of the HSP70 gene, enabling the detection of coinfection events involving various species of Leishmania and Trypanosoma spp. in samples from vectors, wild and domestic mammals, as well as patients with LC and VL. Moreover, we identified the circulation of previously undescribed Leishmania species in certain Colombian regions. Thirdly, through genome comparisons of four L. infantum isolates from Colombia with genomes from different global regions, we characterized the genetic diversity within and between geographic groups (America, Europe, Africa, Asia, and Colombia), identifying four distinct populations of the species and their geographic distributions. We also noted a closer phylogenetic relationship between Colombian genomes, Europe, and North Africa, compared to those from the local region and identified intriguing differences in nucleotide sequences of key parasite antigens used in VL diagnosis. Finally, employing high-depth proteomics, we qualitatively and quantitatively characterized protein changes in SbIII-induced resistant L. infantum. The resistant line's promastigotes exhibited altered growth kinetics, with a prolonged logarithmic phase compared to the wild type. Furthermore, we observed significant production of proteins related to transcription, translation, lipid and carbohydrate metabolism, energy compensation, and peroxisome biogenesis in the resistant line, alongside a reduction in proteins associated with iron and metal metabolism. The current thesis underscores the importance of addressing VL from multiple perspectives. Through the utilization of a wide array of methods and tools focusing not only on the parasite but also on its vectors and reservoirs, a better understanding of the disease at local and global levels has been achieved. On one hand, it has examined the impact of various factors on VL over time and space. On the other hand, the development of an effective strategy for the simultaneous identification of different Leishmania and Trypanosoma species in the same individual has shed light on the occurrence of coinfection events and their impact on disease severity and progression in endemic countries for both leishmaniasis and Chagas disease. Additionally, the study of the genetic diversity of autochthonous parasites has helped to better understand the genetic flow and phylogenetic relationships of the species on a global scale, providing genetic support for understanding the variation in sensitivity of certain antigens used in the diagnosis of this parasitic disease. Finally, but no less important, the understanding of L. infantum resistance to sodium stibogluconate has been expanded beyond what was previously known, elucidating a complex and multifactorial landscape that includes biological events not previously considered; while pinpointing new therapeutic targets is not feasible with certainty, we trust that this information can yield crucial insights for the development of new therapeutic proposals or the enhancement of existing ones.

Medicación y cumplimiento en los pacientes ancianos polimedicados: cómo mejorar la seguridad del paciente en la salud pública

Sun, 01 Jan 2023 00:00:00 GMT

[ES] INTRODUCCIÓN: El envejecimiento, la pluripatología y la polimedicación conducen ineludiblemente a la instauración de la revisión continuada de la medicación y el Cumplimiento Terapéutico (CT) por parte de los profesionales sanitarios de Atención Primaria, siendo la falta de adhesión a los medicamentos prescritos un problema especialmente relevante en las personas de edad avanzada debido a las consecuencias negativas asociadas a la práctica asistencial que conlleva. OBJETIVOS: Valorar la pluripatología, la polimedicación y el CT que presentan los pacientes crónicos polimedicados rurales y urbanos de mayor edad, además de la calidad de la Atención Farmacéutica prestada en ambos medios y los factores influyentes en el citado cumplimiento. MATERIAL Y MÉTODOS: Estudio Observacional, descriptivo y transversal, realizado en un Área de Salud de Castilla y León, siendo la población de estudio pacientes de edad avanzada, pluripatológicos y polimedicados de los ámbitos rural y urbano. Primeramente, se cumplimentó un cuestionario para evaluar el CT a través de la aplicación del Test Morisky-Green-Levine (TMGL) y la Revisión de la Bolsa de Medicamentos, valorándose además los factores que influyen sobre el cumplimiento en ambos medios. En segundo lugar, se cumplimentó una Hoja Farmacoterapéutica con los datos relativos a los problemas de salud, la prescripción de medicamentos y los registros clínicos. CONCLUSIONES: Los pacientes de mayor edad analizados muestran un patrón conjunto de Pluripatología y Polimedicación que pone de manifiesto posibles actuaciones de mejora en la calidad de la Atención Farmacéutica prestada, estableciéndose en relación a los mismos un perfil de Paciente en Riesgo de incumplimiento Farmacológico que evidencia la existencia de un margen para intervenir e incrementarlo. La mayoría de los pacientes encuestados refieren emplear un único tipo de soporte para reforzar el CT, haciendo uso fundamentalmente de los recursos materiales en el medio urbano y del apoyo humano en el medio rural.

Eliminación de la oncocercosis en el Ecuador: estudio retrospectivo y situación actual

Sun, 01 Jan 2023 00:00:00 GMT

[ES] La oncocercosis es una enfermedad parasitaria causada por la filaria Onchocerca volvulus. Es transmitida por un artrópodo del género Simulium, y causa lesiones cutáneas y oculares que pueden llegar a la ceguera. La aplicación de medidas de control se ha sucedido a lo largo del siglo XX, pero fue con el tratamiento sistemático y masivo de ivermectina como se ha conseguido eliminarla del Ecuador. En el caso del Ecuador tras 19 años de tratamiento masivo de ivermectina y cinco de vigilancia epidemiológica, se consiguió certificar la eliminación. En esta situación se planteó la necesidad de monitorear la posible reemergencia de la enfermedad post-eliminación. El objetivo de esta tesis es evaluar los riesgos de la reemergencia de la oncocercosis post-eliminación mediante estudios serológicos en muestras de niños de zonas endémicas de las provincias de Esmeraldas y Santo Domingo de los Tsáchilas y estudios sobre muestras de Simulium exiguum en las comunidades centinelas seleccionadas del área que fuera el foco endémico de oncocercosis. Por último, se aborda un estudio retrospectivo de las estrategias de control y situación actual de la enfermedad junto con una estimación del riesgo de difusión por medio de la emigración de la zona endémica. Se analizaron 123 muestras de suero de niños menores de 10 años nacidos después de la suspensión del tratamiento de ivermectina, mediante la técnica ELISA con el antígeno Ov66. Después se estudiaron un total de 2950 S. exiguum adultos recolectados en las áreas endémicas de oncocercosis, para ser procesados por PCR cuantitativa. También se realizó una revisión histórica de las estrategias de control y migración poblacional. Para ello, se monitorearon un total de 119 comunidades endémicas de oncocercosis, que abarcaban una población de 1.085.921 personas. Durante el periodo 1985-2009, el Programa Nacional de Eliminación de la Oncocercosis (PNEO) estima que han migrado 18.979 personas, cuando la enfermedad aún era endémicas en el Ecuador. También se realizó un estudio sobre registros de los casos confirmados de oncocercosis, estrategias de control y población migratoria del Ministerio de Salud Pública (MSP), del PNEO y del Instituto Nacional de Estadística y Censos (INEC). No se encontraron anticuerpos contra el parasito en ninguna de las muestras de suero y tampoco se amplificó ADN del parásito S. exiguum en las comunidades centinelas últimas en denunciar casos de oncocercosis en la provincia de Esmeraldas. Con los datos históricos analizados sobre las estrategias de control de la oncocercosis en el Ecuador se observa que la aplicación de ivermectina cobertura mayor de 85%. El estudio de migración muestra riesgo bajo de oncocercosis por los tratamientos de ivermectina y la carencia de vectores apropiados del parasito en la zona de acogida. En conclusión, los estudios realizados en este trabajo con vistas al control de la oncocercosis en Ecuador muestran la ausencia de casos tanto en población humana como en vectores transmisores del parásito. El estudio retrospectivo determina que la aplicación de la ivermectina junto con medidas de intervención comunitaria han sido efectivas en la eliminación de la enfermedad. [EN] Onchocerciasis is a parasitic disease caused by the filarial disease Onchocerca volvulus. It is transmitted by an arthropod of the genus Simulium, and causes skin and eye lesions that can lead to blindness. Control measures have been applied throughout the 20th century, but it was with the systematic and massive treatment of ivermectin that it has been eliminated from Ecuador. In the case of Ecuador, after 19 years of massive ivermectin treatment and five years of epidemiological surveillance, elimination was certified. In this situation, the need to monitor the possible reemergence of the disease post-elimination arose. The objective of this thesis is to evaluate the risks of onchocerciasis reemergence post-elimination through serological studies in samples of children from endemic areas of the provinces of Esmeraldas and Santo Domingo de los Tsáchilas and studies on samples of Simulium exiguum in sentinel communities selected from the area that was the endemic focus of onchocerciasis. Finally, a retrospective study of the control strategies and current status of the disease is addressed along with an estimation of the risk of spread through emigration from the endemic area. A total of 123 serum samples from children under 10 years of age born after discontinuation of ivermectin treatment were analyzed by ELISA with the Ov66 antigen. A total of 2950 adult S. exiguum collected in onchocerciasis endemic areas were then studied and processed by quantitative PCR. A historical review of control strategies and population migration was also carried out. For this purpose, a total of 119 onchocerciasis endemic communities were monitored, covering a population of 1.085.921 people. During the period 1985-2009, the National Program for the Elimination of Onchocerciasis (PNEO) estimates that 18.979 people migrated when the disease was still endemic in Ecuador. A study was also conducted on records of confirmed cases of onchocerciasis, control strategies and migratory population of the Ministry of Public Health (MSP), the PNEO and the National Institute of Statistics and Census (INEC). No antibodies against the parasite were found in any of the serum samples and no S. exiguum parasite DNA was amplified in the sentinel communities that last reported cases of onchocerciasis in the province of Esmeraldas. The historical data analyzed on onchocerciasis control strategies in Ecuador show that the application of ivermectin coverage is greater than 85%. The migration study shows a low risk of onchocerciasis due to the ivermectin treatments and the lack of appropriate vectors of the parasite in the host area. In conclusion, the studies carried out in this work with a view to controlling onchocerciasis in Ecuador show the absence of cases both in the human population and in vectors transmitting the parasite. The retrospective study determines that the application of ivermectin together with community intervention measures have been effective in eliminating the disease.

Desenvolvimento de um método rápido de identificação de patógenios associados a infeções de catéteres através de em maldi-tof

Sun, 01 Jan 2023 00:00:00 GMT

[ES] Los catéteres venosos centrales (CVC) son los disposos intravasculares más utilizados en la práctica clínica moderna y son de fundamental importancia para el tratamiento de muchos pacientes. La infección del torrente sanguíneo relacionada con el CVC es una de las principales complicaciones de su uso. La dificultad de diagnosticar infecciones asociadas con el uso de CVC es uno de los problemas que enfrentan los clínicos. En este sentido, la espectrometría de masas MALDI-TOF se presenta como una novedad prometedora para los procedimientos de diagnóstico de Microbiología Clínica, utilizándose para identificaciones directamente a partir de muestras clínicas. El propósito de este estudio es desarrollar un método que permitiera un diagnóstico etiológico rápido de la infección del catéter, con una sensibilidad y especificidad al menos similar a los métodos de cultivo. La muestra en estudio incluyó 105 puntas de catéter de individuos con bacteriemia asociada al CVC e ingresados en los servicios de la Unidad Local de Salud de Guarda. El CVC se retiró de los individuos para evaluación/diagnóstico microbiológico. Para el diagnóstico microbiológico de la punta del catéter se evaluaron mediante un método de diagnóstico semicuantitativo, un método cuantitativo y EM-MALDITOF. Los resultados obtenidos indicaron que los resultados positivos del EM MALDITOF, con una puntuación superior a 1,7, presentan una excelente correlación con las técnicas convencionales, por lo que pueden asumirse como una técnica de diagnóstico rápido y con una fiabilidad muy alta, tanto a la hora de establecer la criterios de infección y en términos de identificación específica del microorganismo involucrado, lo que contribuirá a orientar las decisiones clínicas, decisiones que se reflejarán en mejores resultados de salud, así como en la reducción de costos asociados a este tipo de infecciones. También son relevantes los resultados obtenidos com Klebsiella pneumoniae spp. (22,2%), seguido de Staphylococcus aureus (11,1%), Candida spp. (10,3%), Pseudomonas aeruginosa (8,6%) y Enterococcus spp. (5,1%). El diagnóstico rápido y preciso de la infección asociada a CVC es esencial para guiar las decisiones clínicas, garantizar una mejor atención y reducir las tasas de mortalidad y morbilidad, así como los costos asociados con las estancias hospitalarias. [POR] Os Cateteres Venosos Centrais (CVC) são os dipositivos intravasculares mais utilizados na prática clínica moderna, e de fundamental importância para o tratamento de muitos pacientes. A infeção da corrente sanguínea relacionada com CVC constitui uma das principais complicações do seu uso. A dificuldade de diagnosticar as infeções associadas ao uso de CVC é um dos problemas com que muitos clínicos se deparam. Neste sentido, a espectrometria de massa MALDI-TOF surge como uma promissora novidade aos procedimentos de diagnósticos de Microbiologia Clínica sendo utilizada para identificações diretamente a partir de amostras clínicas O objetivo deste estudo foi desenvolver um método que permita um diagnóstico etiológico rápido de infeções associadas a CVC, com sensibilidade e especificidade pelo menos semelhantes aos métodos de cultura. A amostra em estudo contemplou 105 pontas de cateteres de indivíduos com bacteremia associada a CVC e internados nos serviços da Unidade Local de Saúde da Guarda. Aos indivíduos foi retirado o CVC para avaliação/diagnóstico microbiológico. Para o diagnóstico microbiológico da ponta do cateter estes foram avaliados por método de diagnóstico semi-quantitativo, por método quantitativo e os seus caldos por EM MALDI-TOF. Os resultados obtidos indicaram que os resultados positivos de EM MALDITOF, com uma pontuação superior a 1,7, apresentam uma excelente concordância com as técnicas convencionais, pelo que podem ser assumidos como uma técnica de diagnóstico rápido com uma fiabilidade muito elevada, tanto em termos de estabelecimento do critério de infeção como em termos de identificação específica do microrganismo envolvido o que contribuirá para a orientação de decisões clínicas, decisões essas que se irão refletir em melhores resultados em saúde, bem como na redução de custos associados a este tipo de infeções. Este estudo possibilitou ainda a avaliação da distribuição epidemiológica deste tipo de infeções, verificando-se que a predominância das infeções associadas a CVC por Staphylococcus coagulase negativo. Com relevância ainda os resultados obtidos com o isolamento de Klebsiella pneumoniae spp. (22,2%), seguindo-se Staphylococcus aureus (11,1%), Candida spp. (10,3%), Pseudomonas aeruginosa (8,6%) e Enterococcus spp. (5,1%). O diagnóstico rápido e preciso da infeção associada a CVC é essencial para orientação das decisões clínicas, garantindo melhores cuidados e reduzindo os índices de mortalidade e morbilidade, bem como custos associados à permanência hospitalar. [EN] Central Venous Catheters (CVC) are the most used intravascular devices in modern clínical practice, and are of fundamental importance for the treatment of many patients. CVC-related bloodstream infection is one of the main complications of its use. The difficulty of diagnosing infections associated with the use of CVC is one of the problems that many clinicians face. In this sense, MALDI-TOF mass spectrometry appears as a promising new addition to Clínical Microbiology diagnostic procedures, being used for identifications directly from clínical samples. The objective of this studywas to develop a method that allows a rapid etiological diagnosis of catheter infection, with sensitivity and specificity at least similar to culture methods. The study sample included 105 catheter tips from individuals with bacteremia associated with CVC and admitted to the services of the Local Health Unit of Guarda. The CVC was removed from the individuals for microbiological evaluation/diagnosis. For the microbiological diagnosis of the catheter tip, they were evaluated using a semi-quantitative method, a quantitative method and their broths by MALDI-TOF MS. The results obtained indicated that the positive results of EM MALDI-TOF, with a score greater than 1.7, present an excellent correlation with conventional techniques, so they can be assumed as a rapid diagnostic technique with very high reliability, both in terms of establishing the infection criteria and in terms of specific identification of the microorganism involved, which will contribute to guiding clinical decisions, decisions that will be reflected in better health outcomes, as well as in the reduction of costs associated with this type of infections. Also relevant are the results obtained with the isolation of Klebsiella pneumoniae spp. (22.2%), followed by Staphylococcus aureus (11.1%), Candida spp. (10.3%), Pseudomonas aeruginosa (8.6%) and Enterococcus spp. (5.1%). Rapid and accurate diagnosis of CVC-associated infection is essential for guiding clínical decisions, ensuring better care and reducing mortality and morbidity rates, as well as costs associated with hospital stays.

Resumen de tesis. Tecnología LAMP: diagnóstico en diferentes escenarios epidemiológicos

Sun, 01 Jan 2023 00:00:00 GMT

[ES]La aparición de las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos hace unas décadas permitió perfeccionar la detección de agentes infecciosos y supuso una revolución en el diagnóstico microbiológico. Con la introducción de la PCR y sus distintas variantes surgió definitivamente el concepto de diagnóstico molecular, que ha permitido la detección rápida y sensible de microorganismos mediante la amplificación específica de determinadas regiones de su genoma. Actualmente, su uso ha pasado a ser rutinario para el diagnóstico de las enfermedades más habituales en los laboratorios de referencia, pero no así para un gran número de enfermedades importadas y, mucho menos, para aquellas enfermedades tropicales que ocurren en zonas endémicas de escasos recursos. La elección de la técnica diagnóstica dependerá de las características del laboratorio y el objetivo que persigamos en el diagnóstico. De este modo, un caso importado será generalmente estudiado en un laboratorio de referencia bien equipado y con personal especializado. Sin embargo, la detección de un caso en zona endémica, generalmente en zonas inaccesibles durante estudios de campo, requerirá de una prueba tradicional microscópica o una técnica rápida. En cualquier caso, a una técnica diagnóstica se le debe de exigir la máxima especificidad y sensibilidad, reproducibilidad, facilidad de ejecución y un bajo coste. Las técnicas de amplificación isotérmica de ácidos nucleicos son las que más se acercan a cumplir estos requisitos. Entre ellas, la tecnología de amplificación mediada por bucle (LAMP, del inglés Loop-mediated isothermal amplification) es actualmente la más utilizada y sobre la que más se ha trabajado para conseguir acercar el diagnóstico molecular realizado en un laboratorio de referencia a estudios de campo y diagnóstico point-of-care. De esta manera, la tecnología LAMP podría utilizarse en diferentes contextos epidemiológicos. Teniendo en cuenta lo anterior, nos planteamos como objetivo general de este trabajo la evaluación de la tecnología LAMP como método diagnóstico en diferentes situaciones epidemiológicas. Para ello, definimos una serie de objetivos específicos encaminados a la aplicación y desarrollo de esta tecnología para abordar nuevos estudios epidemiológicos, ante situaciones de emergencia sanitaria, o como diagnóstico point-of-care en áreas endémicas con escasos recursos. Estos objetivos se van presentando y alcanzando en los diferentes artículos de investigación que se presentan en esta Tesis Doctoral. [POR]O surgimento de técnicas de amplificação de ácidos nucleicos, há algumas décadas, levou a uma melhor detecção de agentes infecciosos e a uma revolução no diagnóstico microbiológico. Com a introdução da PCR e das suas diferentes variantes, surgiu definitivamente o conceito de diagnóstico molecular, que permite a detecção rápida e sensível de microrganismos através da amplificação específica de determinadas regiões do seu genoma. A sua utilização tornou-se rotina para o diagnóstico das doenças mais comuns em laboratórios de referência, mas não para um grande número de doenças importadas, e muito menos para as doenças tropicais que ocorrem em zonas endémicas com poucos recursos. A selecção da técnica de diagnóstico dependerá das características do laboratório e do objectivo do diagnóstico. Assim, um caso importado será geralmente estudado num laboratório de referência bem equipado e com pessoal especializado. No entanto, a detecção de um caso numa área endémica, geralmente em áreas inacessíveis durante os inquéritos de campo, exigirá um teste microscópico tradicional ou uma técnica rápida. Em qualquer caso, uma técnica de diagnóstico deve ter a máxima especificidade e sensibilidade, reprodutibilidade, facilidade de execução e baixo custo. As técnicas de amplificação isotérmica de ácidos nucleicos são as que mais se aproximam destes requisitos. Entre elas, a tecnologia de amplificação isotérmica mediada por laço (LAMP) é actualmente a mais utilizada e aquela em que mais se trabalhou para aproximar os diagnósticos moleculares realizados num laboratório de referência dos estudos de campo ou dos diagnósticos point-of-care. Desta forma, a tecnologia LAMP pode ser utilizada em diferentes contextos epidemiológicos. Tendo em conta o exposto, o objectivo geral deste trabalho é avaliar a tecnologia LAMP como um método de diagnóstico em diferentes situações epidemiológicas. Para isso, definimos uma série de objectivos específicos que visam a aplicação e o desenvolvimento desta tecnologia para abordar novos estudos epidemiológicos, em situações de emergência sanitária, ou como diagnóstico point-of-care em áreas endémicas com recursos escassos. Estes objectivos são apresentados e alcançados nos diferentes artigos de investigação apresentados nesta Tese de Doutoramento.