Expresión diferencial del GASH/Sal tras estimulación sonora

Abstract

[ES] La línea de hámster dorado o sirio (Mesocricetus Auratus) GASH/Sal es un modelo de epilepsia audiógena de origen genético cuyo foco epileptógeno es el colículo inferior (CI). Objetivos. Analizar el transcriptoma del CI para obtener un perfil de expresión de los genes relevantes en la línea GASH/Sal que podría usarse para buscar un vínculo común con la epilepsia humana. Metodología. Utilizando la técnica de ARN-Seq en la plataforma Illumina 75bp Single-End, se han obtenido dos tipos de transcriptomas de los CIs de hámsteres controles y de la línea GASH/Sal, ambos sometidos a estimulación auditiva, alineándolos con dos genomas de referencia distintos, el del hámster chino (Cricetulus griseus) y el del propio hámster sirio. Posterior análisis comparativo de los dos transcriptomas con ambos genomas de referencia, nos permitió obtener un conjunto de genes diferencialmente expresados y, seguidamente, en base a los criterios de la diferencia del nivel de expresión (Fold Change, |FC| >1.5), p valor (p < 0.05) y False Discovery Rate (FDR), seleccionar un pequeño grupo de genes que fueron validados por PCR cuantitativa (qPCR). Resultados. Se determinaron 41 y 33 genes diferencialmente expresados empleando como referencia el genoma del hámster sirio y el del hámster chino, respectivamente, siendo el del primero de ellos, el que presentó un mejor alineamiento por base, cobertura, porcentaje de homología y mayor sensibilidad en la detección de los transcriptos. La comparativa entre ambos grupos de genes mostró que eran coincidentes 12 genes y 9 de ellos (Atp2a3, C6, Egr1, Egr2, Egr3, Fos, Rxfp2, Slc28a1 y Ttr) se emplearon en la validación de las variaciones de expresión génica detectadas mediante la técnica de qPCR. Conclusiones. Los resultados muestran genes diferencialmente expresados en el CI de la línea de hámster sirio GASH/Sal que pueden servir como punto de partida para buscar los mecanismos epileptogénicos en este modelo animal y posibles correlaciones con la epilepsia humana.

[EN} The golden or Syrian hamster line (Mesocricetus auratus) GASH / Sal is a model of genetically derived audiogenic epilepsy whose epileptogenic focus is the inferior colliculus (IC). Objetives. Analyze the IC transcriptome to obtain an expression profile of the relevant genes in the GASH / Sal line that could be used to look for a common link with human epilepsy. Methodology. Using the RNA-Seq technique on the Illumina 75bp Single-End platform, two types of transcriptomes were obtained from the control hamster ICs and those from the GASH / Sal line, both subjected to auditory stimulation, aligning them with two different reference genomes., that of the Chinese hamster (Cricetulus griseus) and that of the Syrian hamster itself. Subsequent comparative analysis of the two types of transcriptomes, with both reference genomes, allowed us to obtain a set of differentially expressed genes and, subsequently, based on the criteria of the difference in expression level (Fold Change, | FC |> 1.5 ), p value (p <0.05) and False Discovery Rate (FDR), select a small group of genes that were validated by quantitative PCR (qPCR). Results. We determined 41 and 33 differentially expressed genes using the Syrian hamster genome and the Chinese hamster genome, respectively, being the first of them, which presented a better alignment by base, coverage, percentage of homology and greater sensitivity in the detection of transcripts. The comparison between both groups of genes showed that 12 genes were coincident and 9 of them (Atp2a3, C6, Egr1, Egr2, Egr3, Fos, Rxfp2, Slc28a1 and Ttr) were used in the validation of the variations of gene expression detected by the qPCR technique. Conclusion The results show genes differentially expressed in the IC of the Syrian hamster line GASH / Sal that can serve as a starting point to look for the epileptogenic mechanisms in this animal model and possible correlations with human epilepsy.