Modelos ocultos de Markov para la determinación de Islas CPG en genomas de mamíferos.

Abstract

[ES] El presente trabajo se ha realizado como Tesis de Fin de Máster del Máster en Sistemas Inteligentes de la Universidad de Salamanca, correspondiente al curso académico 2009-2010. En el trabajo se presentan los resultados obtenidos del análisis de los cromosomas 8, 11 y 12 del genoma humano, para la determinación de las posiciones donde se encuentran las islas CpG mediante la implementación en MatLab de Modelos Ocultos de Markov. Este método diverge con respecto a otros empleados en la actualidad en que éste, a diferencia de los otros, no se fundamenta en mediciones sobre la propia secuencia, sino que emplea principios estocásticos para establecer relaciones entre los elementos de la secuencia y el modelo que lo sustenta. Las conclusiones obtenidas permiten la extrapolación del método utilizado para la búsqueda, de dichas islas, en otros genomas de mamíferos.

[EN] This work was carried out as a Master's Thesis for the Master's in Intelligent Systems at the University of Salamanca, corresponding to the 2009-2010 academic year.The paper presents the results obtained from the analysis of chromosomes 8, 11 and 12 of the human genome, for the determination of the positions where CpG islands are located through the implementation of Hidden Markov Models in MatLab.This method differs from others currently in use in that, unlike the others, it is not based on measurements of the sequence itself, but rather uses stochastic principles to establish relationships between the elements of the sequence and the model that supports it.The conclusions obtained allow the method used to search for these islands to be extrapolated to other mammalian genomes.